Несмотря на достаточно существенный (более 70 лет) срок исследования колебательных спектров аминокислот, в настоящее время в литературе наблюдается интенсивное обсуждение детальной интерпретации аминокислот. Это связано не только с развитием и усовершенствованием экспериментальных методов регистрации ИК, и особенно КР, спектров, но и возросшими возможностями молекулярного моделирования и теоретического расчёта колебательных спектров.
Экспериментальное измерение спектров аминокислот в газовой фазе затруднено тем, что при нагревании молекулы аминокислот могут распадаться на фрагменты, такие как NH2 и СО, что требует создания специальных экспериментальных условий для регистрации колебательных спектров [7]. В настоящее время экспериментальные ИК спектры для газовой фазы методом Фурье-спектроскопии измерены для валина, лейцина, изолейцина, пролина, фенилаланина, глицина, аланина, треонина, цистеина и метионина (Met) [7, 8]. Для нестандартных аминокислот, к которым относится N-fMet, такие спектры в литературе отсутствуют.
Ранее колебательный спектр незаряженного конформера Met был вычислен в гармоническом приближении [9, 6]. При этом сравнение вычисленных частот было выполнено только для ИК спектров и для 35 колебаний, причём отнесение проводилось на основе сравнения с экспериментальным спектром кристаллического Met, имеющего в твёрдом состоянии цвиттер-ионную форму, что делает выполненное отнесение некорректным.
Цель данной работы – уточнить интерпретацию колебательных спектров наиболее стабильного незаряженного конформера Met на основе сравнения экспериментального спектра, измеренного для газовой фазы, и результатов квантово-химического расчёта колебательных спектров, выполненных в гармоническом и ангармоническом приближениях, а также провести интерпретацию колебательных спектров нестандартной аминокислоты N-fMet.
Оптимизация геометрии и расчёт колебательных спектров проводился по программе Gaussian-09 [5] с использованием метода DFT в приближении B3LYP и базисного набора 6-311++g(d,p).
Результаты исследования и их обсуждение
Метионин. Как показали более ранние расчёты, для большинства аминокислот, имеющих множество различных конформеров, наименьшей энергией обладают три конформера, отличающихся углами поворота фрагментов СООН относительно аминной группы NH2 [3]. Разница энергий DЕ = ЕII,III – ЕI для конформеров Met II и III по сравнению с энергией конформера Met I, обладающего, как показал расчёт, наименьшей энергией среди конформеров I-III, составляет 175,1 и 141,8 кДж/моль соответственно, что показывает целесообразность сравнения экспериментального спектра только c теоретическим спектром конформера I, молекулярная структура которого с обозначением атомов приведена на рис. 1.
Вычисленные геометрические параметры – длины связей и углы – рассматриваемых конформеров Met совпадают с данными, приведенными в работах [9, 6, 1] и поэтому в данной статье они не приводятся.
Результаты расчёта нормальных колебаний, выполненные в гармоническом и ангармоническом приближении, а также экспериментальные значения частот и относительных интенсивностей ИК спектра Met, измеренного для газовой фазы [7], приведены на рис. 2 (а, б) и в таблице.

Рис. 1. Молекулярные структуры конформеров Met I, II, III (вверху) и N-fMet I, II, III (внизу)
Экспериментальные (nэ, cм-1) [7] и вычисленные значения частот в гармоническом(nг, cм-1) и ангармоническом приближениях (nа, cм-1), а также интенсивностей спектров ИК (IИК, км/моль) и КР (IКР, A4/а.е.м.) Met и N-fMet
| Met | N-fMet | |||||||||||
| № | νэ * (Iотн) | νг | νа | IИК | IКР | Отнесение | № | νг | νа | IИК | IКР | Отнесение | 
| 8 | 231 | 212 | 17,8 | 3,5 | γ(CSC) | 11 | 240 | 235 | 0,3 | 6,8 | γ(CSC) | |
| 9 | 254 | 262 | 12,6 | 1,9 | γ(CSC), γ(CCO) | |||||||
| 10 | 294 | 286 | 25,3 | 0,6 | γ(NH2) | 12 | 297 | 293 | 1,1 | 1,2 | γ(CCC), γ(CNC) | |
| 11 | 335 | 326 | 0,3 | 2,8 | γ(C3C4C5) | 13 | 354 | 351 | 13,1 | 0,5 | ||
| 12 | 382 | 384 | 12,4 | 0,8 | γ(CCS), γ(CCC), γ(NCC), γ(CCO) | 14 | 383 | 378 | 6,7 | 0,3 | γ(CCC), γ(CNC), γ(CCO), γ(CSC) | |
| 15 | 457 | 448 | 7,4 | 0,7 | ||||||||
| 13 | 517 | 511 | 19,1 | 0,6 | ||||||||
| 16 | 610 | 609 | 11,7 | 0,4 | β(NH), β(OH) | |||||||
| 14 | 625 | 582 | 113,8 | 1,6 | β(OH) | 17 | 620 | 611 | 145,5 | 0,6 | ||
| 15 | 643 | 636 | 9,1 | 0,6 | γ(CCN) | 18 | 646 | 630 | 63,8 | 2,4 | ||
| 19 | 662 | 652 | 81,1 | 2,9 | ||||||||
| 16 | 704 | 690 | 0,9 | 15,4 | Q(SC) | 20 | 706 | 692 | 6,5 | 19,6 | Q(SC) | |
| 17 | 748 | 730 | 8,5 | 6,9 | Q(SC) | 21 | 755 | 736 | 11,5 | 6,6 | Q(SC) | |
| 18 | 755 | 742 | 14,1 | 3,4 | β(CH2) | 22 | 764 | 752 | 3,2 | 1,1 | β(CH2) | |
| 19 | 796 | 776 | 33,7 | 6,3 | Q(CC), β(CH2) | 23 | 802 | 785 | 17 | 5,5 | Q(CC), β(CH2) | |
| 20 | 818 | 800 | 29,5 | 3,1 | ||||||||
| 21 | 879 | 802 | 128,6 | 2,8 | Q(CN) | 24 | 860 | 843 | 0,2 | 4,3 | β(CH2) | |
| 22 | 968 | 946 | 5,1 | 3,5 | Q(CC), β(CH3) | 25 | 973 | 961 | 2,0 | 2,2 | β(CH3) | |
| 23 | 974 | 953 | 11,2 | 3,2 | 26 | 975 | 959 | 6,5 | 2,4 | |||
| 24 | 1005 | 984 | 1,9 | 6,5 | β(CH3), β(CH2) | 27 | 1017 | 997 | 2,6 | 3,7 | Q(CC), β(CH2) | |
| 25 | 1024 | 996 | 7,7 | 5,8 | Q(CC), β(CH2) | 28 | 1032 | 1016 | 1,9 | 1,5 | β(CH) | |
| 26 | 1058 | 1032 | 2,4 | 2,2 | Q(CC) | 29 | 1048 | 1018 | 1,3 | 11,8 | Q(CC) | |
| 27 | 1110 | 1079 | 46,4 | 3,3 | Q(CN) | 30 | 1057 | 1032 | 2,5 | 2,8 | Q(CC) | |
| 28 | 1117(0.87) | 1136 | 1104 | 225,5 | 1,5 | Q(CO) | 31 | 1129 | 1097 | 134,6 | 0,8 | Q(CN), Q(CO) | 
| 29 | 1149 | 1117 | 9,9 | 2,2 | β(CH2) | 32 | 1139 | 1111 | 81,8 | 2,1 | Q(CO), β(CH2) | |
| 30 | 1227 | 1206 | 16,3 | 3,5 | β(CH2), β(NH2) | 33 | 1181 | 1148 | 57,6 | 3,9 | ||
| Окончание таблицы | ||||||||||||
| Met | N-fMet | |||||||||||
| № | νэ * (Iотн) | νг | νа | IИК | IКР | Отнесение | № | νг | νа | IИК | IКР | Отнесение | 
| 34 | 1251 | 1231 | 139,2 | 9,6 | β(CH2), β(NH), β(OH) | |||||||
| 31 | 1280 | 1254 | 7,4 | 3,7 | β(CH2), β(OH) | 35 | 1274 | 1249 | 105,9 | 5,9 | ||
| 32 | 1288 | 1251 | 0,7 | 4,8 | 36 | 1285 | 1242 | 27,4 | 4,5 | β(CH2), β(OH) | ||
| 33 | 1315 | 1286 | 6,9 | 5,8 | 37 | 1307 | 1271 | 5,3 | 2,7 | |||
| 38 | 1333 | 1299 | 5,9 | 4,9 | ||||||||
| 34 | 1359 | 1325 | 4,8 | 1,1 | β(CH3) | 39 | 1360 | 1331 | 5,7 | 2,2 | β(CH3) | |
| 35 | 1369(0.27) | 1368 | 1334 | 14,1 | 6,7 | β(CH3), β(CH2), β(NH2), β(OH) | 40 | 1372 | 1333 | 14,5 | 7,3 | Q(CC), β(CH3), β(CH2) | 
| 36 | 1376 | 1341 | 3,4 | 3,4 | β(CH2) | 41 | 1386 | 1349 | 29,4 | 1,4 | β(CH2), β(C2H), β(NH), β(OH) | |
| 37 | 1418 | 1387 | 5,9 | 3,5 | β(CH) | 42 | 1425 | 1416 | 8,9 | 9,4 | β(CH) | |
| 38 | 1468 | 1425 | 9,4 | 12,2 | β(CH3) | 43 | 1468 | 1436 | 9,7 | 12,1 | β(CH3) | |
| 39 | 1442(0.19) | 1482 | 1438 | 11,6 | 0,8 | β(CH3), β(CH2) | 44 | 1481 | 1450 | 10,7 | 0,9 | β(CH3), β(CH2) | 
| 40 | 1486 | 1461 | 0,9 | 19,9 | β(CH3), β(CH2) | 45 | 1486 | 1460 | 1,8 | 21,6 | β(CH3), β(CH2) | |
| 41 | 1498 | 1486 | 7,1 | 1,8 | β(CH2) | 46 | 1496 | 1467 | 11,9 | 0,9 | β(CH2), β(NH) | |
| 47 | 1502 | 1457 | 23,9 | 7,5 | β(NH), β(CH2) | |||||||
| 42 | 1630(0.21) | 1669 | 1655 | 31,2 | 2,6 | β(NH2) | ||||||
| 48 | 1780 | 1749 | 685,1 | 31,8 | Q(CO) | |||||||
| 43 | 1777(1.0) | 1807 | 1776 | 295,0 | 3,2 | Q(CO) | 49 | 1819 | 1785 | 289,3 | 9,2 | Q(CO) | 
| 50 | 2933 | 2760 | 73,7 | 79,3 | q(CH) | |||||||
| 44 | 2860(0.1) | 3029 | 2884 | 15,9 | 261,9 | q(CH2) | 51 | 3029 | 2885 | 21,5 | 195,4 | q(CH2) | 
| 45 | 2930(0.31) | 3032 | 2929 | 34,7 | 75,3 | q(CH3) | 52 | 3034 | 2941 | 32,6 | 122,4 | q(CH3) | 
| 46 | 2860(0.1) | 3038 | 2894 | 18,2 | 27,4 | q(CH2) | 53 | 3043 | 2882 | 14,1 | 45,6 | q(CH2) | 
| 47 | 2930(0.31) | 3067 | 2924 | 13,8 | 77,3 | q(CH2) | 54 | 3068 | 2914 | 3,2 | 105,4 | q(CH2) | 
| 48 | 3072 | 2917 | 2,7 | 73,3 | q(CH2), q(CH) | 55 | 3080 | 2934 | 5,6 | 24,2 | q(CH2), q(CH) | |
| 49 | 3095 | 2941 | 28,6 | 13,9 | q(CH2), q(CH) | 56 | 3096 | 2944 | 24,1 | 9,8 | q(CH2), q(CH) | |
| 50 | 3107 | 2954 | 7,8 | 68,3 | q(CH3) | 57 | 3110 | 2954 | 8,7 | 68,5 | q(CH3) | |
| 51 | 3128 | 2981 | 7,6 | 101,4 | q(CH3) | 58 | 3130 | 2979 | 6,3 | 105,7 | q(CH3) | |
| 52 | 3496 | 3369 | 2,02 | 131,1 | q(NH2) | |||||||
| 53 | 3573 | 3404 | 5,5 | 68,6 | q(NH2) | 59 | 3579 | 3423 | 38,8 | 63,2 | q(NH) | |
| 54 | 3572(0.34) | 3740 | 3538 | 58,8 | 155,9 | q(OH) | 60 | 3739 | 3540 | 74,5 | 154,7 | q(OH) | 

Рис. 2. Экспериментальный [7] ИК спектр Met (а), измеренный в газовой фазе, и вычисленные ИК спектры Met (б) и N-fMet (в)
Учёт механического ангармонизма приводит к существенному улучшению согласия между экспериментальными и вычисленными частотами в области валентных колебаний связей СН, NH и ОН (область 2880–3540 см-1). Значения вычисленных частот уменьшились на 3,5÷4,5 % для валентных колебаний связей СН, NH и на 5,4 % для q(ОН). Учитывая, что экспериментальные значения частот 2860 и 2930 см-1 отвечают максимумам полос поглощения, являющихся суперпозицией нескольких полос поглощения [7], расчёт нормальных колебаний в ангармоническом приближении позволил уточнить отнесение колебаний в этой области. Так, колебания 44 и 46, значения частот которых расположены в области 2884–2890 см-1, отвечают экспериментальной полосе поглощения с максимумом в области 2860 см-1, а колебания 45, 47–50 – полосе поглощения с максимумом в области 2930 см-1. В области 700–1800 см-1, в которой проявляются валентные колебания связей СС, СN, CS, CO и деформационные колебания аминной NH2, метильной CН3, а также CH2, СН и ОН групп, значения частот понижаются на 1,5–2,5 % по сравнению с частотами, вычисленными в гармоническом приближении. Исключение составляет колебание с частотой 879 см-1, форма которого отвечает изменению длины связи CN. Выполненный расчёт позволил уточнить отнесение экспериментально наблюдаемого колебания с частотой 1442 см-1, ранее интерпретированного как колебание 38 [1], к колебанию 39.
В низкочастотной области (ниже 200 см-1), где проявляются колебания, характеризующие поворот или вращение одних молекулярных фрагментов Met относительно других как целого, учёт ангармонизма не привёл к какому-либо существенному изменению частот (в таблице частоты данного спектрального интервала не приведены). В области 200–520 см-1 проявляются деформационные колебания углов CCC, CNC, CОC, CSC, среди которых низкочастотными являются колебания углов CSC. Наибольшую интенсивность в ИК спектре Met имеют полосы поглощения, отвечающие валентным колебаниям 21 и 27 связей СN (802 и 1079 см-1), валентным колебаниям 28 и 43 связей CO (1104 и 1776 см-1) и деформационному колебанию 14 b(ОН) (582 см-1). В спектрах КР в средней спектральной области имеются три линии сильной интенсивности – это колебания с частотами 690, 1438 и 1461 см-1, формы которых отвечают соответственно изменению длины связи SC и изменению валентных углов в группах СН3 и СН2. Наиболее интенсивные линии в спектрах КР лежат в области валентных колебаний связей СН, NH и OH.
N-формилметионин. Первоначально, так же как и для Met, были определены энергетические состояния трёх конформеров N-fMet (рис. 1) В отличие от Met разница энергий составляет DЕ=ЕII – ЕI = 0,3 и Е=ЕIII – ЕI = 15,5 кДж/моль. Небольшое отличие вычисленных энергий конформеров II и III от I указывает на равную вероятность одновременного существования этих молекулярных структур в веществе.
В работе [4] была исследована стабильность 12 конформеров N-fMet, образующихся как за счёт относительного вращения групп СООН и NСО, так поворотов молекулярных фрагментов СООН и NСО относительно связей СС и СS. Учитывалось влияние на колебательные спектры всевозможных водородных связей, таких как О…НО, О…HN, O…HC и N…HC. Как и в нашем расчёте, наиболее стабильным оказался конформер I (рис. 1).
Для анализа влияния структуры на колебательные спектры, были предварительно проведены расчёты ИК и КР спектров для всех трёх конформеров N-fMet. Значения частот соответствующих спектров отличались незначительно и главным образом для низкочастотных колебаний, поэтому в таблице приведены колебания только для конформера I.
Ранее теоретические колебательные (ИК) спектры незаряженного N-fMet были представлены в работе [4], где был выполнен анализ лишь высокочастотной спектральной области (2900–3600 см-1) и в качестве экспериментальных частот были взяты частоты колебаний Met. Как и в работе [2], расчёт частот был выполнен в гармоническом приближении. В таблице и на рис. 2 (в) приведены результаты расчёта колебательных спектров N-fMet и дана интерпретация нормальных колебаний. Влияние ангармонизма имеет такой же характер, как и в случае Met. В высокочастотной области 2750–3550 см-1 в отличие от Met вместо двух колебаний q(NH2) проявляются колебания с частотами 3423 и 2760 см-1, характеризующие валентные колебания q(NH) и q(СH) фрагмента NCO.
Для N-fMet число нормальных колебаний на шесть больше, чем для Met, четыре из которых имеют мало смешанные формы колебаний. Это колебание в области 1749 см-1, форма которого отвечает изменению длины связи С=О, и три колебания в низкочастотной области, которые характеризуют смещения молекулярного фрагмента NCO относительно других фрагментов N-fMet.
Два других колебания характеризуют валентные и деформационные колебания связей NH и ОН, но их форма является смешанной с формами других колебаний, что влияет и на смещение частот колебаний по сравнению с частотами колебаний Met, и на интенсивность соответствующих полос поглощения. Так, смешение форм деформационных колебаний b(ОН) с формами валентных колебаний b(CH2), b(NH) (колебания 34, 35), как и смешение формы колебания Q(CO) с формой колебания b(CH2) (колебания 32, 33) приводит к значительному возрастанию (в ~ 10 раз) интенсивности соответствующих полос поглощения по сравнению с Met. По той же причине наблюдается значительное увеличение интенсивности полос поглощения, соответствующих колебаниям 18 и 19. В спектрах КР, как и для Met, наиболее интенсивные линии лежат в области валентных колебаний связей СН, NH и OH (колебания 50–60).
Выводы
Расчёт нормальных колебаний с учётом механического ангармонизма улучшил согласие вычисленных и экспериментальных частот колебательных спектров Met и N-fMet для наиболее стабильных незаряженных конформеров, что позволило уточнить ранее выполненную интерпретацию колебательных спектров. Выполнена полная интерпретация N-fMet и проведён сравнительный анализ с колебательным спектром Met. Определено влияние фрагмента NCO незаряженного конформера N-fMet на смещение частот и интенсивности полос поглощения. Показано, что смешение форм деформационных колебаний b(ОН) и Q(CO) с формами валентных колебаний b(CH2), b(NH) для N-fMet приводит к значительному возрастанию (в ~ 10 раз) интенсивности соответствующих полос поглощения по сравнению с Met.
Библиографическая ссылка
Тен Г.Н., Щербакова Н.Е., Баранов В.И. РАСЧЁТ И ИНТЕРПРЕТАЦИЯ КОЛЕБАТЕЛЬНЫХ СПЕКТРОВ НЕЗАРЯЖЕННЫХ КОНФОРМЕРОВ МЕТИОНИНА И N-ФОРМИЛМЕТИОНИНА В АНГАРМОНИЧЕСКОМ ПРИБЛИЖЕНИИ // Международный журнал прикладных и фундаментальных исследований. 2017. № 8-1. С. 34-39;URL: https://applied-research.ru/ru/article/view?id=11754 (дата обращения: 31.10.2025).

